Le microbiote intestinal (flore) est peuplé de 100 000 milliards de micro-organismes (bactéries, virus, moisissures et levures) vivant en symbiose avec l'hôte. Il est indispensable à l'éducation du système immunitaire. Or, il se constitue essentiellement entre la naissance et l'âge de 2 ans, où il doit avoir acquis la variété et la richesse de celui des adultes. On sait que le microbiote des enfants allergiques est moins abondant, moins riche en espèces bactériennes et moins équilibré que celui des enfants sains. Il y a donc une fenêtre d’opportunité pour corriger cette dysbiose par des approches interventionnelles chez le nourrisson et le petit enfant.
Réduire la consommation d’antibiotiques durant la période néonatale et encourager l’allaitement maternel contribueraient à réduire la prévalence de la dysbiose intestinale des jeunes enfants. Chez les bébés nés par césarienne, la transplantation de microbiote vaginal issu de leur mère est en cours d’évaluation. Plus tard, la transplantation de microbiote fécal est utilisée dans les formes sévères d'allergie, afin de reconstituer la flore intestinale. Par ailleurs, des travaux expérimentaux montrent l'intérêt de modifier le microbiote avec le régime alimentaire. Une alimentation riche en fibres favorise la fermentation bactérienne en produisant des acides gras à courte chaine capables de moduler les réponses allergiques. Une alimentation à teneur normale en graisse serait moins allergénique qu'une alimentation riche en graisse.
La recherche s'affine concernant l’utilisation précoce des probiotiques en prévention de l’allergie alimentaire. Des travaux en cours visent à préciser les propriétés immunomodulatrices de bactéries prometteuses. Combinées à l'immunothérapie orale, certaines pourraient jouer un rôle d'adjuvant (ref 7).
Au total, le séquençage du microbiote et la connaissance plus fine des mécanismes d’action des différentes classes bactériennes qui le composent permettront de nouvelles approches. Il faudra aussi s'intéresser au virome, au mycobiome…
Véronique Canac