Selon l’OMS et autres, le diagnostic positif d’une infection
par le SARS-CoV-2 doit être posé le plus rapidement possible.
L’objectif est double : optimiser la prise en charge de la maladie,
mais aussi contrôler sa progression au sein de la population par le
traçage. Actuellement, la méthode de référence est la RT-PCR qui
est réalisée en totalité dans les laboratoires de biologie médicale
ou les plateformes adaptées, avec les limites que l’on sait. Les
prélèvements, dans tous les cas, doivent être traités dans un
laboratoire équipé, plus ou moins éloigné du POC, (ou point of
care c'est-à-dire le lieu où le patient est pris en charge au
sens large). Idéalement, le diagnostic devrait être possible en
dehors de telles structures et les résultats communiqués dans les
heures (et non les jours) qui suivent le prélèvement.
Réponse en 90 minutes
Une méthode diagnostique nouvelle dénommée CovidNudge
test, mise au point en Grande-Bretagne pourrait remplir cette
gageure. L’appareil est un bijou high-tech, fruit des prouesses
actuelles de l’électronique, de l’informatique… et de la biochimie
autant que de la dynamique des fluides. De la taille d’un
smartphone dont il est inspiré techniquement parlant, il permet de
tester l’échantillon en dehors de tout milieu spécialisé, notamment
d’un laboratoire et d’obtenir une réponse en 90 minutes : toutes
les qualités a priori d’un appareil destiné aux POC… Le principe du
dosage repose sur la RT-PCR et exige de fait un prélèvement
nasopharyngé traité à sec. Les manipulations en aval sont réduites
au minimum.
Le prélèvement est directement introduit dans une cartouche
prête à l’emploi qui contient tous les réactifs et composants
nécessaires aux réactions biologiques qu’implique la RT-PCR. Une
puce électronique programmée fait le reste et contrôle même la
qualité du prélèvement grâce à la présence d’une ribonucléase
humaine dans le milieu réactionnel.
CovidNudge test contre RT-PCR standard : match presque nul
Quelles sont les performances diagnostiques de cette petite
merveille mise au point à l’Imperial College de Londres et
développé par une startup du nom de DNANudge? C’est précisément à
cette question que répond une étude publiée en ligne le 17
septembre 2020 dans le Lancet Microbe.
En avril et mai de cette année, ont été recueillis, chez 386
patients, deux prélèvements nasopharyngés par individu. Ces
participants se répartissaient en 3 groupes : (1) professionnels de
santé volontaires chez lesquels le diagnostic de Covid-19 était
suspecté (n = 280 ; 73 %); (2) patients consultant dans des
services d’urgences, ce diagnostic étant également évoqué (n = 15 ;
4 %) ; (3) patients hospitalisés atteints ou non de la maladie (n =
91 ; 23 %).
Les échantillons ont été analysés en parallèle par les deux
méthodes la plateforme CovidNudge étant comparée-en termes
de sensibilité et de spécificité-au parcours habituel d’un dosage
standard réalisé par RT-PCR au sein d’un laboratoire central.
Sur les 386 échantillons testés, 67 ont été jugés positifs
avec le CovidNudge test contre 71 avec la RT-PC classique.
La sensibilité de CovidNudge a été globalement estimée à 94
% (intervalle de confiance, IC, à 95 % 86-98) et la spécificité à
100 % (IC 95 % 99-100).
La sensibilité a quelque peu varié en fonction des
sous-groupes de participants : chez les professionnels de santé,
elle a été à 93 % (IC 95 % 84-98), versus 100 % chez les patients
des urgences (IC 95 % 48-100) ou ceux hospitalisés (IC 95 %
29-100). La spécificité, pour sa part, s’est avérée constante, de
l’ordre de 100 % quel que soit le sous-groupe considéré. Les
performances diagnostiques n’ont pas été influencées par la
prévalence de la positivité des tests, de l’ordre de 25 % (IC 95 %
20-31) en avril 2020 au plus fort de la pandémie, mais de seulement
3 % (IC 95 % 1-9) dans le cadre du dépistage systématique chez des
patients hospitalisés par la suite.
Un test mis à la disposition des hôpitaux britanniques
Dr Philippe Tellier
