Quelques caractéristiques du VOC 202012/01
Sur le plan phylogénétique, ce variant fait partie du lignage
B.1.1.7 et sur le plan génétique, il se caractérise par une
délétion dite ΔH69/V70 qui aboutit à la perte des acides aminés
situés en position 69 et 70, respectivement l’histidine et la
valine. De ce fait, certains tests PCR ne captent plus que deux
signaux au lieu de trois, d’où le terme de SGTF (S gene target
failure) pour désigner la négativation de la détection du gène
S qui en résulte. Cette perte de signal suggère la présence du
variant VOC 202012/01 dans l’échantillon analysé et c’est le
séquençage du génome viral qui le confirmera. En moins de deux
mois, ce variant a véritablement envahi le Royaume-Uni, la
proportion de souches caractérisées par la délétion ΔH69/V70
passant de 3 % (12 octobre) à … 98 % (7 décembre), mais c’est
désormais dans plus de 50 pays que sa présence a été formellement
identifiée. Les deux tiers des infections nouvelles au Royaume-Uni
lui seraient désormais imputables.
Un peu plus de létalité selon l’agence sanitaire Public Health England
La première, datée du 14 janvier 2021 (actualisée en ligne le
26/1), émane de l’agence sanitaire PHE (Public Health
England) (1). Il s’agit d’une étude prospective du type
cas-témoins en cours dans laquelle sont comparés des cas
d’infections SGTF et un nombre égal de témoins (non SGTF) appariés
selon l’âge, le sexe et la semaine pendant laquelle le test PCR a
été effectué.
Mêmes symptômes et pronostic que la Covid « classique » dans une autre étude
La seconde étude (2), elle aussi britannique, en preprint sur
le site spécialisé medRxiv apporte d’autres données sans confirmer
pour autant les résultats de l’enquête précédente. Il s’agit d’une
étude longitudinale qui a reposé sur l’analyse des symptômes chez
36 920 participants de la CSS (Covid Symptom Study) dont le
test PCR avait été trouvé positif entre le 28 septembre et le 27
décembre 2020. Cette cohorte a été constituée à partir d’un
échantillon de plus de quatre millions de citoyens britanniques
tous utilisateurs d’une application pour téléphone mobile
spécifiquement destinée à la lutte contre l’épidémie de
Covid-19.
L’objectif était de rechercher une association entre la
proportion régionale de la souche et les éléments suivants :
symptômes, évolution de la maladie, taux de réinfection et
transmissibilité.
Plus haute contagiosité confirmée
Ces deux sources britanniques s’accordent sur un point, c’est la contagiosité nettement plus élevée de l’infection liée au variant VOC 202012/01, le R effectif moyen étant apparemment voisin de 1,5. En revanche, il y a divergence quant au taux de létalité sur lequel il est actuellement impossible d’avoir la moindre certitude d’un point de vue objectif. N’en déplaise au premier ministre Boris Johnson, il n’est pas possible d’affirmer que le variant en question soit directement à l’origine d’une surmortalité du fait d’une virulence accrue. S’il y a actuellement plus de décès liés à la Covid-19, c’est probablement du fait de l’augmentation du nombre d’infections par ce virus mutant jusqu’à preuve du contraire.Des variants du variant
En attendant, ce dernier selon une communication récente de l’agence PHE semble s’enrichir de mutations nouvelles qu’il partagerait avec les variants brésiliens et sud-africains, ce qui témoigne de sa capacité d’adaptation mise à l’épreuve à la fois par la campagne de vaccination britannique et les mesures de restriction qui l’ont précédée.Nous y revenons dans un article de la rubrique « pro et société », ce jour.
Dr Philippe Tellier
