Omicron BA.2 : le trouble-fête ?

Paris, le lundi 21 février 2022 - En matière de Covid, le moral est au beau fixe et les Français se préparent à un printemps marquant le (vrai) « retour des jours heureux ». Même les plus cassandres, Olivier Véran en tête, y vont de leurs prévisions optimistes et entrevoient déjà la fin de toutes (ou presque) les restrictions dans quelques semaines. Pourtant, contrairement à ce qu’a affirmé hier sur LCI le ministre de la santé, un sous-variant d’Omicron alerte. Il s’agit du BA.2. Rappelons que le variant Omicron est divisé en trois sous-lignages désignés BA.1 (actuellement majoritaire), BA.2 et BA.3 (qui très peu détecté). Un sous-groupe de BA.1, dénommé BA.1.1, caractérisé par la présence de la mutation R346K a également été repéré.

Début de flambée en France…

Concernant la France, en quelques semaines, la présence du variant BA.2 d'Omicron a augmenté de + 38 % selon un point de Santé publique France publié ce jeudi.

Ainsi, alors que les données de séquençage confirment la « dominance » d’Omicron en France métropolitaine où il représentait 99,3% des séquences interprétables, le sous-lignage BA.2 représente 10,7 % des cas au 31 janvier contre 4,5 % au 24 janvier.

Variant Pi ?

Or, une étude japonaise publiée ce 15 février (en pre-print) sur le site bioRXiv et conduite sur des hamsters conclut à une plus grande transmissibilité de ce variant d'Omicron, de l'ordre de 1,4 fois supérieur à BA.1.L’étude suggère également que ce variant d’Omicron serait plus pathogène.

« L'analyse statistique montre que le nombre effectif de reproduction de BA.2 est 1,4 fois plus élevé que celui de BA.1. Les expériences de neutralisation montrent que l'immunité humorale induite par le vaccin ne fonctionne pas contre BA.2 comme BA.1, et notamment que l'antigénicité de BA.2 est différente de celle de BA.1. Des expériences de culture cellulaire montrent que le BA.2 est plus réplicatif dans les cellules épithéliales nasales humaines (…) que le BA.1. De plus, des expériences d'infection sur des hamsters montrent que BA.2 est plus pathogène que BA.1 » écrivent dans leur abstract l’équipe de chercheurs de Kumamoto. Elle note également que « BA.2 est virologiquement différent de BA.1 » ce qui soulève la question de savoir « si BA.2 devrait se voir attribuer une lettre de l’alphabet grec afin de le distinguer de BA.1, habituellement considéré comme le variant Omicron ». Il s’agirait alors du variant Pi.

Des données inquiétantes en partie confirmées par l’épidémiologie

Et dans la « vraie vie » ? Dans son bulletin épidémiologique du 15 février, l’OMS écrit que « la prévalence de BA.2 parmi les cas séquencés d’Omicron soumis à la base de données GISAID n’a cessé d’augmenter pour atteindre 21,09 % lors de la 5e semaine de 2022 » (début février). « Au 14 février, 10 pays ont signalé une prédominance de BA.2 supérieure à 50 % : le Bangladesh, Brunei Darussalam, la Chine, le Danemark, Guam, l’Inde, le Monténégro, le Népal, le Pakistan, les Philippines ».

Or, dans Le Monde, Marc Gozlan rapporte que le Statens Serum Institute de Copenhague estime que BA.2 est 30 % plus transmissible que BA.1 et qu’on observe, depuis que BA.2 est devenu dominant dans le pays, une augmentation du nombre des hospitalisations et des décès.

En revanche, l’OMS note pour l’heure qu’il ne semble pas y avoir de différence de sévérité de l’épidémie dans les pays où BA.2 est dominant par rapport à ceux où BA.1 est majoritaire.

Laissons la plume aux auteurs de l’étude japonaise : « Avec un nombre de reproduction effectif plus élevé et un échappement immunitaire prononcé, il est évident que la propagation de BA.2 peut être un problème sérieux pour la santé mondiale dans un avenir proche (…) BA.2 pourrait être potentiellement le variant le plus préoccupant en termes de santé publique globale ».

Frédéric Haroche