Pneumonie à 2019-nCoV : tout a débuté au marché aux poissons…

L’épidémie à coronavirus, qui sévit actuellement en Chine, a débuté dans une métropole de onze millions d’habitants, Wuhan (province de Hubei) devenue célèbre en peu de temps. C’est dans les premiers jours de décembre 2019 que le nouveau membre de la famille des coronavirus du nom de 2019-nCoV commence à faire des siennes sur le plan clinique. Les quatre premiers cas, identifiés par les hôpitaux de proximité, ne surviennent pas au hasard. Ils concernent en effet des patients qui ont été en contact direct avec le marché aux fruits de mer de Huanan. Le diagnostic initial qui va mettre la puce à l’oreille dans un pays qui a notamment été confronté à l’épidémie de SRAS (syndrome respiratoire aigu sévère) en 2003 est « pneumonie de cause inconnue », de quoi réveiller les angoisses suscitées par la petite famille des coronavirus. En peu de temps, le nouvel arrivant est identifié et séquencé, cependant que les cas de pneumonie liée à ce dernier se multiplient rapidement en Chine, tout en accédant à pas feutrés à une douzaine de pays de par le Monde, dont la France (5 cas avérés au 29 janvier 2019).

Une publication du Lancet (30 janvier) permet de préciser les caractéristiques épidémiologiques initiales de l’infection à 2019-nCoV ainsi que les modalités de sa transmission à partir des 425 premières observations cliniques recueillies en décembre 2019 et janvier 2020 à Wuhan, épicentre de l’épidémie chinoise actuelle. Les données démographiques, l’exposition préalable à l’agent pathogène (ancienneté, modalités etc.), la chronologie des cas confirmés par les examens de laboratoire ont été revues et analysées jusqu’au 22 janvier 2020, date à laquelle l’étude se termine. Il est ainsi permis de se faire une idée approximative mais précieuse sur deux grandes caractéristiques épidémiologiques de l’infection au moment où sa propagation s’est faite de manière exponentielle : le temps de doublement de l’épidémie - le temps nécessaire pour que le nombre de cas soit multiplié par deux- et le taux de reproduction de base - le nombre d’individus contaminés par un individu infecté.- deux paramètres issus de la modélisation mathématique des maladies infectieuses.

Temps de doublement 7,4 jours, taux de reproduction de base 2,2

Au sein de la cohorte précédemment définie, l’âge médian a été estimé à 59 ans et le sexe masculin prédomine quelque peu (56 %). Surtout, dans la majorité des cas (55 %) vus en majorité avant le 1^er janvier 2020, l’infection a trouvé son origine dans le désormais fameux marché aux fruits de mer de Huanan, à la différence des cas postérieurs (8,6 %) à cette date. La durée moyenne de l’incubation a été estimée à 5,2 jours (intervalle de confiance à 95 %, IC 95 %, 4,1 à 7,0), le 95^ème percentile de la distribution correspondante étant calculé à 12,5 jours. A ses stades les plus précoces qui sont ceux visés dans cette étude, le temps de doublement de l’épidémie a été estimé à 7,4 jours. En prenant comme valeur moyenne un intervalle sériel de 7,5 jours, le taux de reproduction de base a été estimé, pour sa part, à 2,2 (IC 95 %, 1,4 à 3,9).

Sur la base de ces informations épidémiologiques qui valent pour la période étudiée dans des conditions bien définies, il peut être établi que la transmission interhumaine de l’infection était à l’œuvre dès la mi-décembre 2019 et que les contacts des sujets infectés ont pu être nombreux. De quoi expliquer la cinétique actuelle de l’épidémie à l’échelon de la Chine, en espérant que le confinement de près de 60 millions de Chinois permettra d’endiguer l’épidémie. L’amplitude des mesures préventives dans d’autres pays dépendra des caractéristiques épidémiologiques spécifiques à chacun d’entre eux et de l’efficacité de la quarantaine appliquée aux sujets rapatriés et aux cas suspects, le problème des contacts étant réglé par leur « autosurveillance » clinique.