Le diagnostic positif du Covid-19 repose sur la détection de
l’ARN du SARS-CoV-2 par RT-PCR dans les prélèvements effectués au
niveau des voies aériennes supérieures, en règle la région
nasopharyngée ou encore oropharyngée. Cependant, le virus peut être
isolé ailleurs et potentiellement transmissible par d’autres voies
ou supports que les classiques gouttelettes de Pflügge, produites
au cours des éternuements et de la toux et largement incriminées
dans l’épidémie de Covid-19. De fait, la biodistribution de tout
agent pathogène varie d’une espèce à l’autre ou d’une famille à
l’autre dans le cas des coronavirus.
Une étude transversale publiée en ligne dans le JAMA du 11
mars 2020 sous la forme d’une research letter permet de se
faire une idée de la présence du SARS-CoV2 dans les différents
compartiments ou fluides de l’organisme. Elle a inclus 205 patients
(âge moyen 44 ans ; extrêmes, 5-67 ans ; hommes : 68 %) atteints du
Covid-19 admis dans trois hôpitaux chinois entre 1er
janvier et le 17 février 2020, situés respectivement dans les
provinces de Hubei, Shandong et Pékin. Dans la plupart des cas, des
prélèvements pharyngés ont été effectués entre le 1er et le 3ème
jour après l’admission. D’autres prélèvements ont porté sur le
sang, l’expectoration, les fèces et les urines tout au long de
l’évolution de la maladie. Une fibroscopie avec lavage
broncho-alvéolaire (+/-biopsie) n’a concerné que les patients
atteints d’une pneumonie sévère ou encore ceux mis sous ventilation
assistée (soit 19 % de la cohorte). En cas de présence de virus
dans les selles, quatre échantillons de ces dernières ont été mis
en culture en vue d’une étude par microscopie électronique pour
déceler des traces du microorganisme vivant.
Excrétion fécale dans 29 % des cas
Au total, 1 070 échantillons biologiques ont été soumis à une
recherche de l’ARN viral par RT-PCR. La positivité de cette
dernière a varié selon l’origine du prélèvement. Elle s’est avérée
maximale dans le liquide de lavage broncho-alvéolaire (14/15 ; 93
%) cependant rarement effectué (environ 7 % des cas), puis, dans
l’ordre, dans :
(1) l’expectoration (72/104 ; 72 %) ;
(2) les écouvillonnages nasaux (5/8 ; 63 %) ;
(3) la biopsie bronchique (6/13 ; 46 %) ;
(4) les prélèvements pharyngés (126/398 ; 32 %) ;
(5) les fèces (44/153 ; 29 %) ;
(6) le sang (3/307 ; 1 %).
Aucun échantillon urinaire ne s’est avéré positif.
Cette petite étude transversale chinoise ne porte que sur un
peu plus de 200 patients hospitalisés tous atteints d’un Covid-19
confirmé. C’est dans le liquide de lavage broncho-alvéolaire que
l’ARN du virus a été le plus souvent retrouvé, plus de neuf fois
sur dix, mais cette procédure n’a été utilisée que dans 7 % des
cas. Si les échantillons sanguins ne se sont avérés que très
rarement positifs (1 %), tel n’a pas été le cas des échantillons
fécaux avec une positivité dans 29 % des cas. La transmission du
virus par cette voie extrarespiratoire n’est pas pour autant
certaine, mais il y a tout lieu de penser qu’elle est possible :
cette hypothèse demande à être confirmée. De quoi justifier les
mesures actuelles notamment le lavage fréquent et appuyé des mains
à chaque fois que cela s’impose.
Dr Philippe Tellier
