SARS-CoV-2, le spectre de la mutation

Le coronavirus du Covid-19, désormais dénommé SARS-CoV-2 est l’objet d’une surveillance génétique étroite. La crainte de mutations affectant la souche d’origine, celle qui s’est manifestée en décembre 2019 à Wuhan (Chine), est grande même si ce virus à ARN est doté d’un matériel génétique permettant de réparer les brins d’ARN susceptibles d’être altérés lors de la transmission d’une espèce à l’autre … et d’un humain à l’autre. Cet argument n’est cependant pas suffisant pour garantir la stabilité du génome viral qui est in fine moindre que celle des virus à ADN. Ainsi, une étude chinoise publiée dans la revue National Science Review qui fait autorité en Chine, évoque la possibilité sinon d’une mutation, du moins d’une évolution du génome viral sous l’effet de la pression sélective imposée par les modifications de l’environnement du coronavirus qui a été confronté à quelques obstacles depuis son émergence.

La chauve-souris, le pangolin et l’homme

Une chose est sûre, c’est que chez les patients infectés, les séquences du génome viral sont quasiment identiques (à 99,9 % près) ce qui plaide en faveur d’une origine commune : le SARS-CoV2 serait ainsi passé d’une espèce à l’autre, en l’occurrence d’un réservoir (sans doute la chauve-souris) à l’homme, en passant probablement par des hôtes intermédiaires, le pangolin étant parmi les principaux suspects. Les similitudes génétiques entre le SARS-CoV-2 et un bêtacoronavirus hébergé par la chauve-souris dit RaTG13, avec un taux de concordance de 96,2 % sont en effet en faveur de cette hypothèse. Par ailleurs, les gènes qui codent pour les protéines en spicules qui permettent au SARS-CoV et au SARS-CoV2 de s’arrimer aux récepteurs cellulaires du type ACE2 (angiotensin converting enzyme II) seraient très voisins de ceux identifiés chez les virus infectant certains pangolins. Enfin, le génome du SARS-CoV-2 est éloigné de celui du SARS-CoV (concordance : environ 79 %) et de celui du MERS-CoV (environ 50 %).

Mutation(s) ou évolution 

Les résultats de cette étude plaident par ailleurs en faveur de modifications récentes des sites fonctionnels des récepteurs de liaison des spicules propres au  SARS-CoV-2 et aux SARSr-CoVs du pangolin, ce qui fait évoquer deux hypothèses : ou bien des mutations, ou bien une évolution du génome par sélection naturelle au-delà des recombinaisons, voire une association des deux phénomènes. L’analyse des 103 génomes viraux collectés à Wuhan semble indiquer que deux souches principales sont actuellement à l’œuvre dans l’épidémie chinoise et peut-être dans la pandémie mondiale qui prend forme. Il s’agirait des souches désignées par les lettres L et S, définies par deux SNP (single nucleotide polymorphism) qui les distinguent l’une de l’autre.

L ou S ?

La prévalence du type L  (∼70 %) était  bien supérieure à celle du type S (∼30 %) au tout début de l’infection, alors que paradoxalement ce dernier type correspondrait à la version ancestrale du virus. Plus agressif et plus contagieux que le type S, le type L pourrait expliquer la gravité et la contagiosité des premiers cas, encore que d’autres hypothèses soient possibles. Si le type L reste prédominant (mais quelle est sa prévalence actuelle ?),  force est de reconnaitre qu’il est devenu moins présent dès le début de janvier 2020 d’après les données de l’étude. Les interventions de confinement et de quarantaine pourraient avoir mis la pression sur le type L qui serait plus agressif et plus contagieux que le type S. Pour ce type S qui serait (ou aurait été)  le moins méchant, la pression subie aurait été moindre au point de favoriser son retour en plus grand nombre sur la scène épidémique. Mais il n’en serait pas moins dangereux dans la mesure où il avancerait plus souvent … masqué que le type L.

Une situation confuse quoi qu’il en soit

Une évolution sous pression serait plus plausible (encore que, sur ce point, les avis des experts divergent),  mais il est clair que, pour en savoir plus, il faudra combiner sur une grande échelle et dans bien d’autres populations toute une série d’informations à la fois génétiques, épidémiologiques et cliniques avec plus de recul qu’actuellement… ce qui peut sembler paradoxal à l’heure où la pandémie s’étend au point de rappeler le spectre de la grippe espagnole qui est la mère des épidémies modernes à bien des égards. En l’espace d’un siècle, la science et la médecine ont progressé de manière spectaculaire mais la menace que représente le Covid-19 n’en reste pas moins majeure au point de faire trembler la planète entière avec ou sans mutations du SARS-CoV2. Les divergences dans l’expression épidémiologique d’un pays à l’autre (Iran, Italie, Chine, France) pouvant tenir à des facteurs multiples et intriqués (définition des cas, recours plus ou moins précoce aux tests diagnostiques, mesures préventives etc…)

Dr Philippe Tellier